МК - это по сути микропроцессор с памятью и периферией в одной микросхеме, который выполняет команды.
ПЛИС - это микросхема, состоящая из большого числа логических ячеек, каждая из которых может быть отдельно сконфигурирована и соединена с другими, что позволяет реализовывать в ней практически любую логику. даже можно на ней собрать микроконтроллер.
так, погоди, а зачем много логических ячеек, если есть готовые мк?