У вас есть скрам или принц2?
Блин, ого ты шаришь. У нас нет конкретной методологии, т.к. я работаю всего-навсего на обычного ИПшника, и у нас 2 программиста и 1 дизайнер, ну и проекты от 50к до 1кк.
Но придерживаемся Agile методологии, из инструментов ток Trello, хотя в планах на Jira перекатится