2020-04-27T14:00:38.178564+00:00 shinyapps[2194340]: Loading required package: viridisLite
2020-04-27T14:00:38.273343+00:00 shinyapps[2194340]: OGR data source with driver: ESRI Shapefile
2020-04-27T14:00:38.273352+00:00 shinyapps[2194340]: Source: "/srv/connect/apps/Chernobyl_FOREST_dynamics/CheZ_border_line.shp", layer: "CheZ_border_line"
2020-04-27T14:00:38.273389+00:00 shinyapps[2194340]: with 1 features
2020-04-27T14:00:38.273391+00:00 shinyapps[2194340]: It has 3 fields
2020-04-27T14:00:38.560141+00:00 shinyapps[2194340]:
2020-04-27T14:00:38.560143+00:00 shinyapps[2194340]: Listening on http://127.0.0.1:38089
2020-04-27T14:00:46.890051+00:00 shinyapps[system]: Out of memory!

Error detecting locale: Error in read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote, : incomplete final line found by readTableHeader on 'raw'
(Using default: en_US)

но у меня раньше запускались с почти таким же кодом приложения...

Дело не в коде, дело в локали

раньше таких проблем не было... были проблемы с путем к файлам, они фиксились добавлением ссылок на них в app.R

относительные

Кодировка файла, который читает приложение?

Error detecting locale: Error in read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote, : incomplete final line found by readTableHeader on 'raw'
(Using default: en_US)

а я знаю, какой это файл? нигде не пишется, что это за конкретно файл

Ну данные из какого файла читаются?