Не знаю, что там с конкретно этой ошибкой, но большинство таких проблем порождаются двумя источниками:
1) крон идёт не от того пользователя, от которого идёт локальный запуск руками
2) Окружение в Rstudio отличается от окружения крона.
Решение - выводить в лог для начала Sys.getenv() и смотреть, чего не хватает.