У меня когда был проект с redux-saga, именно так и было. папка api, папка sagas и папка reducers, где подпапки расположены по принципу "ducks", а корневая сага и корневой редьюсер, миддлвары и т.д. уже соберается в файле в корне проекта store.js. Вроде бы было не так плохо на то время. То есть все побочные эффекты в отдельной подпапке. Но это было несколько лет назад, может лучше что-то придумали