Извини, у меня не очень много опыта в изоморфных. Правильно я понимаю, не все сторонние компоненты поддерживают серверный рендеринг? Для примера react-select, react-bootstrap.
И если js disabled, то ни о каком flux\redux речи не идёт?
Про изоморфные приложения - некоторые могут не поддерживать, там есть особенности (например componentDidMount никогда не исполнится, как и нет window / document объектов и со всеми вытекающими, из-за чего не удаётся использовать react-leaflet). Но большинство компонент нормально поддается серверному рендерингу.
Суть такая, что где-то 10х увеличение стоимости по времени, однако там есть нюанс - 10х потому что нам необходимо получить все данные удобным образом (отложенные и распределенные вызовы).