Есть надежда, что это можно легко обойти с помощью рецепта для биладута. Нашёл в настройках проекта вот такой файлик, в котором прописан список путей ко всем яйцам. На сам файл нигде нет ссылок, т.е. он, в теории, автоматически читается PyCharm-ом.
Рецепту надо будет просто генерировать этот файл, и будет работать примерно так же как это работало в Eclipse.