Ну или есть ещё вариант сделать поддержку .env файлов, из которых будут читаться переменные с настройками

Есть готовые либы для работы с .env файлами

имеешь в виду в программе? я бы предложил перейти на чтение параметров из окружения. Но программа не моя.

Ну или вообще прикрутить поддержку файлов с конфигами какого-либо формата

Эту опцию всё равно будет видно в консоли, когда PyCharm запустит команду

а её будет видно в таком виде --secret-opton $SECRET_VAR или с подставленным значением?

нет пичарма и винды, чтобы проверить

И вообще передача секретов через опции командной строки - это дырка. В том же линухе обычно ведётся история последних выполненных команд, где сохранится этот секрет. Кроме того можно увидеть какой командой был запущен процесс.

это богом хранимая винда, там такого нет, наверное

с претензией к дизайну согласен

Можешь попробовать в ярлыке для запуска PyCharm (или где там) прописать ENV переменную, и попробовать как ты написал

а какие либы для конфигов вы вообще пользуете?

есть проект, в нем все просто захардкожено в классы-конфиги, примерно как это показано в туториале к фласку, и всяких разных параметров дохера.
хотелось бы секреты и коннекшены вытащить в переменные окружения, а остальное в ямл или томл, но так чтобы через env можно было переписать если что

нашел какую-то либу по мотивам гошного viper'а, но может есть что-то питонячье общепринятое, а я не знаю

Я использую самописную, на базе yaml. Есть возможность "наследоваться" от других yaml с переопределением настроек + поддержка jinja2 шаблонизатора. Т.е. сначала yaml-файл обратабывается как Jinja2 шаблон - за счёт этого можно в него вставлять ENV и другие переменные, переданные из рантайма.

Можно использовать или наследоваться от yaml, из другого питонячего пакета, указав путь к нему в виде other.package:/etc/config.yaml

С Jinja2 - это я конечно упоролся, можно было наверное добавить какие-то кастомные "теги" в сам yaml. Но так было проще и быстрее 😊

Зато можно на более знакомом диалекте делать всякие штуки в конфиге (условия, циклы и др)

Хотя кроме подстановки переменных ничего ещё ни разу не понадобилось

Из похожего есть в pypi проект metayaml (от Антона (Байта С.)). Там нет Jinja2 и "наследование" работает по другому.

Общепринятого, как понимаю, в питоне нет. Есть просто разные варианты. От простого ini-файла, парсер которого есть из коробки, до чего угодно с помощью сторонних либ.

То что общепринятного вероятно нет конечно жаль.

А вы с Антоном свои решения начали писать потому что ничего подходящего не нашли или особо не искали?