Последнее время я склоняюсь к мысли, что должно быть два инструмента. Один отвечает только за установку пакета и его зависимостей, ну и ещё может заниматься сборкой тарболов, колёс и заливкой их в PyPi.
А второй инструмент - для автоматизации других операций, которые нужны при разработке или при деплое проекта. Т.е. что-то вроде make, tox, билдаута и подобных штук.
Пока что в мейнстриме ковыряются только с первой тулой, и то регулярно залезают на территорию второй.