стэквью один в главном окне, в него загружаются страницы (Page). Если вам удобно, называйте их окнами, но на мобильных платформах на маленьком экране понятие окно довольно странно. Лучше называть их вью. И эти вью вставляются в стек желательно последовательно, посредством push. Также последовательно они и отматываются (unwind) посредством pop. Но если очень хочется, то можно менять их прямо в стеке (replace). в qml всё является компонентом, включая и ApplicationWindow, так что вопрос некорректный. В принципе, то как вы их называете - только терминология, не более. Но главное, что Window у вас один, и это лучше бы должен быть ApplicationWindow. В нём есть StackView. Там же в принципе можете опреденить initialItem - причём не обязательно в отдельном компоненте - можете прямо писать:
initialIten: Page{...}