А может быть дело таки в вашем коде, и что-то изменилось в правилах работы с этим контролом? Больше на это похоже. Потому что отдельное приложение у вас работает. Ищите в чем разница. Может старый ui не перегенерился гдето. Почистите каталог билда. Опять же, он у вас задизейблен, судя по описанию. Смотрите почему может быть задизейблен. Поставьте точку останова внутри кьюта на переключения enabled
И меня это тоже смущает - что тестовое приложение вроде ворк. Что вы имеете в виду под почистите каталог билда? Удалить полностью папку и перестроить проект пробовала, а знать бы где генерится ui для tray menu, разве он не во время runtime строится? Спасибо, буду ставить брейкпойнты в Qt source и смотреть, для этого ведь не обязательно строить Qt с сорцов?