там есть опция в run configuration [x] Run in terminal - её лучше всегда убирать, если хотите чтобы приложение было запускабельно и можно было его дабажить
Эээ, никогда этого не делал, и приложение всегда запускалось в консоли, работало, дебажилось. Такая фигня появилась в одной из сборок 4.1 или 4.2