я плохо знаком с AppImage, но в инете пишут что свежие версии легко распаковать, например для правки перевода. Если это так, то наверное у пользователя есть возможность и заменить либы Qt на нужные. Значит LGPL не нарушается_)
ИМХО
Да, внутри appimage файловая система, которую можно монтировать, но вот чтобы менять содержимое я не очень понимаю как это. Надо погуглить. По сути надо перепаковать appimage