Разобрался, кстати, с кейсом. При загрузке скрипта (это гипотеза, пруфа 100% нет) клик имеет последовательность значений в таблице (точнее в колонке). И этой последовательности как-то по порядку присваиваются цвета.
Это работает при активированной галочке (она почему-то всегда активирована).
При перезагрузке данных может поменяться последовательность значений в колонке, соответственно поменяются цвета у тех или иных значений.
У меня был применен на диаграмме set analysis фильтр, поэтому цвета повторялись.
Решилось добавлением в палитру нестандартной темы кликовской палитры в 100 цветов.