В моём случае причиной того, что объекты не добавлялись/удалялись было то, что Engine API Explorer был подключен к тому же приложению, что и nodejs (при этом логины использовались разные).
Если делать в такой последовательности, то работает как надо:
1. Запуск скрипта на nodejs (создание/удаление объектов - CreateChild/DestroyChild);
2. Убедиться, что не создано подключение через Engine API Explorer. Если создано - отключить его.
После обновления страницы удалённые объекту исчезнут, созданные - появятся.