Чтобы выставить фильтр по пустому значению - должно быть значение, и оно не должно быть пустым.
в вашем случае, если я правильно понял, надо понять, какие строки не связаны.
На мой взгляд, быстрее в скрипте флаг присвоить тем строкам, связи по которым нет с другой таблицей.