Первый недостаток сценариев с условиями - нельзя узнать заранее, сколько запросов будет в сценарии, а значит, как долго они будут выполняться. Для JMeter/LoadRunner, с их закрытой моделью нагрузки, это означает, что нельзя выставить шаг нагрузки точно. И его выставляют по большей границе - для 10-ти запросов. И в результате тест требует 10 000 потоков. Люди запускают и говорят, что инструмент тормозит. Или вообще ставят настройки шага и потоков неверно.
Второе. В отчёте, нет информации какие же сценарии в результате выполнились.
Третье. Сделать IF-ы не так-то просто. Вот коллеги выше ломают копья. Тест получается часто некорректным, со скрытыми ошибками.