ну во первых у вас version не дочерний для data элемент, а обращаетесь вы как к дочернему через 1 точку
$.data.${version}.mode я для примера написал. так то путь для получения версий будет $.data.configuration.php_version.*.name или $.data.configuration.php_version.*.version, смотря что именно дергать. загвоздка в том, что для получения types для конкретной версии путь будет $.data.configuration.php_version.${name}.types[*] и непонятно, как правильно вставить этот ${name}