потому что ты можешь глазами их смотреть, легко править, легко менеджить. Если файлы тяжелые можно git-lfs юзнуть. А с огромным файлом с base64 ты ничего не сделаешь, даже не поймешь что это за файл.
+ если надо добавить новый файл - это руками конвертить в base64, копипастить, потом что-то поправить - опять по новой туда сюда. А я просто вкину этот файл в папку, переименую как нужно и пойду спать.