вроде бы даже если сделать ребейз -i и удалить начиная с самой первой версии и сделать форс пуш, то указателя на этот коммит не останется, но само дерево сохранится. и по хешу комита можно будет всё равно найти его.
но я хз как это работает с гитхабом. может он для экономии места удаляет коммиты, которые не являются родительскими ни для одной из веток