Какие лучше способы сборки кода использовать, в стиле pyinstaller?
Потому что при его использовании модули если и работают, то максимально некорректно.
Сборка одинакова. Думай над тем, откуда пайтон, который внутри exe-шника, будет брать библиотеки. Как минимум в PATH и PYTHONPATH добавить на стадии загрузки кода перед импортами