Без разницы. Что лучше знаешь, на том и пиши.
Но по QT доков больше и в интернете больше обсуждается. Хотя на мой взгляд EEL может нагнуть QT со временем.
Ну eel приколен в плане того, что это по сути подобие электрона для питона, но выглядит что-то немного мертвым проектом. А так верстать страничку то на хытымылы гораздо приятнее, чем гребаные окошки располагать, да потом еще вкуривать как сделать чтоб оно нормально выглядело при изменении размеров т.к. по дефолту хер тебе, а не подстраивающиеся размеры