че-то не знаю, а если вокруг %s кавычки поставить, либо вместо них поставить вопросительный знак?
какая база вообще?
получилось!!!
with contextlib.closing(config.connection) as connection:
cur = config.connection.cursor()
cur.execute("INSERT into users(username, nickname) Values(%s, %s)", (username, nickname))
config.connection.commit()