Джанга считает корнем папку, в которой лежит
manage.py, поэтому относительные пути не будут работать.
Объясни для начала зачем тебе такая конфигурация?
Как вариант можно прописать абсолютный путь, это решит проблему.
Но вообще такая архитектура сама по себе проблема