плохая идея это - не парится с сим линками, все равно их нужно будет сделать в site-enabled, если он перенесет конфиг в /etc/nginx/
да и не вижу что-то плохого в том что конфиг совсем в другом месте - там симлинк - все ок
я вижу что ты на ubuntu работаешь, в centos нету site-enabled, там только /etc/nginx/conf.d ))