Когда у тебя команда, которая привыкла к джанге и знает все её нюансы, сервис на фласке только оверхедом будет. Выходит мажорная версия, ты тратишь время на то чтоб разобраться что сломалось. Ты тратишь время на то, чтоб понять какие пакеты хорошие, какие нет.
Причём никакой проблемы иметь джангу микросервисом (1-2 эндпоинта) нет. Она вполне лёгкая и чистая сама по себе.