основное отличие - в контейнере чистая система, она настраивается с нуля и получается ожидаемый результат, а что там на сервере - "а кто его знает", если на нём стоит 20 разных проектов и система обновлялась вручную несколько раз - там могут твориться странные вещи с зависимостями и вообще (и поднимая на таком сервере 21ый проект, могут быть труднообнаружимые баги)