в идеале, ORM не должна ругаться на то, что там нет каких-либо полей в моделях или есть поля, в идеале models.py должны в любой момент времени отражать оба состояния
то есть один файл models.py (или не models.py, а чуть более урезанный вариант) отражал бы production-версию и генерился бы как-нибудь по дампу структуры, а второй - был бы полноценный models.py