Возможно, у меня есть нерациональная фобия, да.
Проблемы возникали при синхронизации конфигов. Да, делать git pull можно, но приходится вытаскивать всю конфигурацию. И если она большая (а у нас были натурально сотни модулей), это может быть неприятно. Не так хорошо скейлится, как хотелось бы.
Я не уверен, что можно красиво обрабатывать репорты. Как узнать, что на 30 из 1500 серверов паппетран зафейлился, например?