А разве Domain, Application, Infrastructure не про направление зависимостей? Я вот недавно тоже пытался правильно организовать структуру приложения, но так чтобы можно было красиво проверять правильное ли направление зависимостей в приложении. И вот пришёл к выводу, что без таких папок не получится это сделать.
Но! Внутри каждой папки уже идёт разбиение на фичи и человек может сразу увидеть код, который принадлежит к определенной фиче. К тому же, каждая фича изолирована и ее код нельзя переиспользовать.
Если у тебя все разделено по фичам, то непонятно как внутри каждой фичи контролировать направление зависимостей.