я бы сделал два пко: "контрагент - контрагент" и "контрагент - партнер", в пко контрагент-контрагент будет пкс владельца со ссылкой на пко - "контрагент - партнер", а в документах при конвертации указывал бы контрагента на оба реквизита, на контрагента и партнера, думаю так должно сработать