Я как то похоже долго отлаживал SPI, и на осцилле вроде было ОК. Потом мне кто то сказал возьми лог.анализатор. я подумал что он х..ню несёт, но взял, т.к. идей уже не было. В итоге, анализатор мне сразу показал x на одном из сигналов, после чего я увидел проблему и на осциллографе (проседание уровня земли между платами, при передаче).