Я давно не трогал прошивки этих флешек, но мне казалось, что там есть отдельно секция read-only и секция для записи настроек. Странно, что при старте BIOS'а BIOS сам себе crc не считает.
Так секции там одинаковые. Просто в одну из них пишутся настройки. И, кстати, там все как-то хитро устроено. Я уже не помню подробностей, но секция с настройками может быть расположена в разных физических секциях. При восстановлении биоса в ноутах приходилось ее искать вручную.