А оба ядра рулят одной и той же переферией? То есть если одно ядро рулит сейчас первым юартом, то нужно это самому разруливать, чтобы хардфолтов не было?
Там когда изначально конфигурацию создаешь, выбираешь, какая периферия будет отдана каждому из ядер(но можно задать и периферию используемую совместно, в этом случае выбирается какое ядро будет инициализировать ее), у них общая память и можно посылать "сигналы" взаимодействия. Ситуаций конфликтов у меня изначально не возникло, тк ядра занимаются совершенно разными задачами.