Альтернативное использование подразумевает работу с i2c и с таймером. Я так понимаю где-то нужно указать, чтоб порт используется для i2c
Нет, не нужно.
Возможно, есть смысл скачать демо-проекты (сотни их), например от Olimex - посмотреть инициализацию.