Вебпак собирает типичный js + css из ecma6+-js, scss/sass итогдалие.
В фениксе он затем, чтобы ты писал скрипты на ES6. При старте феникса запускается nodejs-webpack-сервер, который отслеживает твои js-файлы и при их изменении перекомпилирует их в es5-js и отправляет изменения в браузер.