Я, если не ошибаюсь, git работает следующим образом - создаёт хеш файла и хранит эти хеши, в роли версии. Может мне лучше сделать следущее: при загрузки файла через Plug.Upload получить имя файла, создать папку с таким именем и хранить в нём не имена файлов, а имена хешов этих файлов, а для базы данных просто сохранять хеши файлов, директорию хранения файлов + имя файлов.