Если кому-то полезно будет — пока успел узнать, что mmio-девайсы в virtio не имеют ничего общего с шиной PCI — это просто два разных механизма для доступа. При этом, если явно повесить девайс на mmio, то там по дефолту врубается legacy mode и пока непонятно, как его отключать