Я подозреваю, что развивалась ситуация примерно так.
Сначала .idea была под gitignore. Все было ок.
Вариант 1
Потом кто-то пошел в ветку, где не было gitignore, сделал там что-то и закоммитил .idea, и это смержили в основную ветку.
Вариант 2
Кто-то решил, что в .gitignore не нужна строка .idea/ и сделал то же самое.