минимальный код — это прислать не весь ваш диплом целиком, а несколько строк так, чтобы было видно, что проблема возникает (сложно разбираться в чем ошибка, не имея на руках примера)
но честно говоря я тоже верю в chapter
и если есть требования к ГОСТу и прочей ерунде, то все равно надо сидеть разбираться (вероятно, в загадочном disser), а если нету, обычный article или scrartcl сойдет