Понял, спасибо за развернутое объяснение.
1) Linux-хост
Скажу так: я не совсем согласен с самой идеей совместить Вин и Никс гипервизоры. Неужели Винда не умеет в софтовый рейд? Там же есть СтораджСпейсес или как его. Если вопрос с лицензированием, то ГиперВи Сервер бесплатен кажись... Короче, я бы в данном случае до последнего пытался сохранить верность Мелкософту, вплоть до покупки лицензии и\или железного рейда. Благо последний можно за копейки взять
2) KVM
Если же всё-таки на второй хост раскатывать Linux, то ты точно не захочешь возиться с голым KVM. Как минимум ещё нужен QEMU ) А так в принципе почему нет? Вполне можно через консоль управляться. Либо ещё virt-manager накатить, для веб-интерфейса.
Но я бы всё-таки, как тут все советуют, взял и раскатал Proxmox на Debian, или oVirt на любом дистрибутиве - под капотом у них тот же QEMU\KVM, но сверху ещё куча разных удобств и функционала. Проксмокс это вообще комбайн, который умеет всё, там и сторадж, и бэкапы, и всё с веб-интерфейсом, и мануал отличный, и комьюнити.
И ещё: я бы развернул на втором хосте две ВМ: одну для AD, вторую для шаринга доков. Нехорошо завязывать одно на другое-то
3) Linux-сторадж
Ну тут реально просто. Один пакет (zfs) решает все вопросы на высшем уровне: и рейд, и тома, и ФС, и сжатие на лету. Но не забудь выровнять recordsize на 64k - это оптимум для qcow2-файлов. Но вообще в качестве дисков ВМ лучше использовать zfs-тома - zvol
И ещё память должна быть ECC - для ZFS это особенно важно, по крайней мере так принято считать.
4) Бэкап S3
Тоже легко решается вопрос благодаря утилите rclone.
А ещё есть такой сервис как
https://www.rsync.net - дают тебе доступ к zfs-датасету на их сервере, куда можно пулять снапшоты через интернет, очень круто. Но по ценам с Glacier не сравнивал, наверное дороже.
5) Репликация
Вот тут всё не очень. Именно репликации в прямом смысле не добиться между Win и Lin, по моему. Но частые бэкапы - легко. На первом хосте откроешь специальную самбо-шару, и второй хост будет туда сбрасывать бэкапы по расписанию. В том же Проксе это штатный сценарий.