Не претендую на экспертность мнения, но раз уж Вы внесли такой уровень абстракции, как виртуальная машина, то и с хранилищем стоит сделать так же.
Т.е. отдельный диск для ВМ, там NTFS.
Получаете и возможность снимков/бэкапов на уровне гипервизора, и полноценную работу плюшек вида фсрм, дфс реплик, теневых копий и т.п. на уровне вм.