Гит работает с файлами, их содержимым, тем, как они создаются, изменяются и удаляются. Гит не понимает, что ты в репе держишь еще одну/две/n реп, и просто хавает файлы. Следовательно, когда ты помещаешь в репу еще две репы, ты заставляешь корневую репу лишний раз обрабатывать не только изменения в дочерних репах, но и все содержимое .git/ директорий этих реп