Так тут даже не в макаках дело.
Проект на сишке. В подпроектах ненужные файлы для большого проекта - это тесты на сишке. Тесты на сишке нельзя заливать в основной проект, потому что тесты эмулируют работу других подпроектов => будет жопа при запуске большого проекта, если подпроекты поместить в одну папку и начать сборку. Жопа в том плане, что будет овердофига ошибок, типа redeclaration [бла-бла-бла].
Вот как-то так.