если быть конкретным то это менеджер пакетов и там папка с json'ами некоторые со временем были удалены
Возможно, тебе нужен шеллскрипт, который пройдётся по коммитам, и на каждом коммите будет делать снапшот содержимого репозитория, а потом скопирует их все поверх друг друга?
Тогда у тех файлов, которые есть в нескольких коммитах, сохранится более свежая версия, а те, которые были удалены, будут сохранены из более ранних коммитов.
Тогда у тех файлов, которые есть в нескольких коммитах, сохранится более свежая версия, а те, которые были удалены, будут сохранены из более ранних коммитов.