Если у вас случайно есть хеш коммита который раньше был в этой ветке (желательно последнего), то можно попробовать открыть информацию о нем на гитхабе (не помню точную страницу, там с хешем в пути, можно открыть любой существующий коммит и посмотреть), по нему найти предыдущие коммиты и перекопировать raw диффы.
В гитхабе тоже удаленные коммиты там ещё некоторое время хранятся (по крайней мере раньше так было)