Вот я открываю два экземпляра терминала, и хочу работать в них на разных ветках, не дёргая чекаут
Совсем не дергать checkout не получится, потому что чтобы сделать рабочую копию, надо сделать checkout.
А так о бери несколько клонов репозитория,и работай, хоть 50 штук