запихиваешь всё в контейнер. docker выделяет отдельный неймспейс fs, pid, network и ты спокойно работаешь со 100 контейнерами которые не пересекаются между собой
поидее ты запускаешь докер на любой оси, то есть тебе не нужно писать сотню приложений для разных конфигураций, а можно написать только для докера, и его уже запускать на любой машине