В моём понимании, для норм документации хватит и md файлов, главное – чтобы её писали и поддерживали. Тут не с тулзами нужно играть а людей муштровать и процессы настраивать. А там, как начнуть в промышленных масштабах генерировать документацию, начнутся конкретные проблемы, к которым можно будет найти конкретное решение