Cython удобно что он встроенный модуль, само будет перекомпилироваться при запуске python если поменялось
я не понял этого предложения. само ничего перекомпилироваться не будет. если ты меняешь cython код надо запустить cythonize и скомпилировать из этого кода модули расширения. фаза build не автоматическая